El proyecto de la Maestría en Ciencias (Nanotecnología), toma en cuenta la misión y visión establecida para la Facultad de Ingeniería de la Universidad Autónoma de Querétaro en su plan de desarrollo.
La Maestría en Ciencias (Nanotecnología) ofrece una formación que incluye herramientas para la manipulación de la materia a escala nanométrica necesarias para responder a necesidades de modelación, resolución e interpretación de problemas que demanda los sectores productivo, educativo, de investigación, industrial y gubernamental presente en nuestra región y en general en el país.
La Nanotecnología es un campo emergente con interacción entre diferentes dominios científicos como la Física, Química, Biología, Medicina y Farmacología, y sus interrelaciones con campos de la Ingeniería, como las Ingenierías Electrónica, Química y de Materiales. Se trata de un campo con una fuerte componente de interdisciplinariedad que instaura nuevas áreas de investigación y desarrollo, en el que a nivel internacional hay una actividad cada vez más importante, con una cada vez más progresiva transferencia de resultados al sector empresarial.
Cuando se manipula la materia a la escala de átomos y moléculas, éstas presentan propiedades totalmente diferentes. Por ello la nanotecnología resulta útil para crear materiales, aparatos y sistemas novedosos y de menor costo con propiedades únicas para resolver las necesidades de la sociedad del conocimiento en el siglo XXI.
La nanotecnología promete soluciones vanguardistas y más eficientes para los problemas ambientales, así como muchos otros enfrentados por la humanidad, desde nuevas aplicaciones médicas o más eficientes a soluciones de problemas ambientales y otros.
La nanotecnología podría llegar a ser una revolución tecnología comparable o quizá superar en su impacto al motor de vapor en el siglo XVIII, la electricidad en el siglo XX y el internet en la sociedad contemporánea. (Hassan, 2010)
Los científicos ya están en el desarrollo de nano-aplicaciones que están transformando radicalmente una gran cantidad de productos y servicios, incluida la capacidad de almacenamiento de una batería, la miniaturización de circuitos integrados de computadoras, la administración de medicamentos, cremas faciales, procesamiento de alimentos, la energía solar, la purificación del agua, etc.

La orientación de la Maestría en Ciencias (Nanotecnología), está alineada con el modelo curricular de la Universidad Autónoma de Querétaro, centrado en el aprendizaje con enfoque en competencias, mismo que refiere que el diseño curricular por competencias incorpora elementos, criterios y áreas formativas integradoras en el marco de un modelo educativo flexible, teniendo en cuenta contenidos que fomenten el desarrollo de habilidades y aptitudes en los estudiantes, además de elementos heurísticos y teóricos como ejes estratégicos de formación académica, logrando así la transferencia de los conocimientos no sólo a contextos inmediatos, sino a la vida misma, al presente y también como una forma de vislumbrar estrategias para el futuro.
El egresado de la Maestría en Ciencias (Nanotecnología) podrá integrarse de manera inter y multidisciplinaria en procesos de investigación básica y de aplicaciones en todas las áreas del desarrollo e innovación de materiales con nuevas propiedades y con potenciales aplicaciones en el sector productivo.

Empresas y otras entidades del Estado de Querétaro, con capacidad de desarrollo de la infraestructura tecnológica estarán beneficiadas, en primera estancia, de los profesionales de alto nivel formados en este programa de maestría; profesionales que apoyen las diferentes áreas orientadas a la generación de nuevos productos que impacte en la mejora de la calidad de vida de la sociedad, con repercusiones importantes en los ámbitos económico y atendiendo demandas en el cuidado de la naturaleza.

Su campo laboral se ubica en áreas de investigación y aplicación del conocimiento, como: empresas especializadas en estudios y desarrollo de nuevos materiales, cuidado y mantenimiento del entorno, entidades gubernamentales, institutos de investigación, universidades y centros educativos. El Estado de Querétaro tiene en la actualidad un creciente desarrollo industrial en el área de alimentos, aeronáutica, automotriz y electrónica lo que significa una demanda inmediata de profesionistas especializados, que garantice un desarrollo equilibrado de estos sectores en la región; y de vital interés e importancia la generación de relaciones universidad-empresa.

Además de la industria y el sector productivo, el estado de Querétaro también cuenta actualmente con varios centros de investigación de instituciones como la U.N.A.M. el I.P.N. y centros SEP-CONACyT, como el CIDETEQ y el CIDESI entre otros. Estos centros de investigación también se pueden ver beneficiados por los recursos humanos de alto nivel que egresen de la Maestría en Ciencias (Nanotecnología).