De acuerdo al Reglamento de Estudios de Posgrado de la Universidad Autónoma de Querétaro, los posgrados que se ofrecen tienen como finalidad preparar personal docente de alto nivel, ofrecer una formación en cuanto a métodos de investigación y desarrollar en el profesional una alta capacidad innovadora técnica o metodológica, así el objetivo general de la Maestría en Ciencias, línea terminal Ingeniería Matemática es:

Formar profesionales competitivos en el campo de las matemáticas capaces de integrar diversas áreas del conocimiento que les permitan modelar, analizar y solucionar problemas en un mundo cambiante caracterizado por su desarrollo científico y tecnológico.