El Doctorado en Ingeniería forma investigadores del más alto nivel, capaces de formular soluciones ingenieriles, aplicando los conocimientos y las herramientas metodológicas pertinentes a cada situación. El programa del Doctorado en Ingeniería es incluyente y atiende diversas especialidades de la ingeniería. Por su naturaleza, es un programa dinámico y se adecúa a las necesidades de Querétaro, la región y el país, por lo que sus egresados tienen las habilidades y conocimientos para incorporarse a centros de investigación públicos o privados, departamentos de ingeniería de empresas, así como en las universidades e instituciones de educación superior.

El programa está diseñado para que el estudiante realice sus estudios crediticios en seis semestres. Dependiendo del proyecto de investigación, se podría extender un año más para realizar la tesis. Se establecieron un total de 11 materias curriculares y la realización de la tesis doctoral, con esto se acumulan 220 créditos. Los créditos se dan conforme a las horas que el estudiante dedica a la actividad de aprendizaje más las que dedica en forma independiente.

Durante el 7º Y 8º semestres el alumno concluye la redacción de la tesis y presenta el examen de grado.