El programa de Ingeniería Civil que forma parte de la Facultad de Ingeniería fue el primero que se ofreció en la entonces Escuela de Ingeniería de la UAQ en febrero de 1951 con dos primeros grados, terminando la carrera en la UNAM. La primera generación de egresados formados en la UAQ se dio en 1965. En la actualidad el programa es el resultado de varias modificaciones a los planes de estudio, siendo las últimas en los años  2003, 2008, 2010 y 2014. El programa fue certificado por el CACEI en 1997, 2000, 2006, 2011, 2013 hasta el 14 de Febrero del 2018, entrando en una pausa, para re acreditarse el 14 de diciembre del 2021.

En enero de 2017 se inicia el proceso de acreditación ante Accreditation Board for Engineering and Technology (ABET). La acreditación ante este organismo fue obtenida el 05 de octubre de 2018, retroactiva al 14 de noviembre de 2015 y con vigencia hasta el 30 de septiembre de 2022. En 2022 se sometió otra vez, obteniéndose la acreditación hasta el 30 de septiembre del 2028.
Además, el programa fue evaluado por los CIEES en 1997 clasificándolo en el nivel 1,  se  para la reacredita en 2019, con vigencia de agosto de ese mismo año hasta septiembre de 2024.