El plan de estudios de la Maestría en Ciencias (Mecatrónica) está organizado por semestres y por créditos, un alumno de dedicación completa puede obtener el grado de maestro en ciencias en el transcurso de 4 semestres académicos. La organización de la currícula comprende un paquete básico, el cual se enfoca a la formación del estudiante como investigador; un paquete primario obligatorio de orientación hacia la Mecatrónica; y un paquete especializado en una de las tres posibles líneas de generación y aplicación del conocimiento: Visión Artificial, Aplicaciones Mecánicas y Vehiculares, y Mecatrónica. El mapa curricular contempla tres materias optativas a seleccionar de un total de 13 materias, esto da flexibilidad al programa. Además, se anexa la materia de Temas selectos, cuyo contenido es flexible y también permite al estudiante llevar el curso otras instituciones, ya sean nacionales o extranjeras.