La Maestría en Ciencias (Ingeniería en Biosistemas) fue creada en el año 2006, comienza operaciones en enero del año 2007, hasta hoy han egresado 38 generaciones y se tienen tres generaciones en curso. El programa se encuentra registrado en el Sistema Nacional de Posgrados de la Secretaría de Ciencia, Humanidades, Tecnología e Innovación (Secihti) por lo que actualmente, los estudiantes tienen la posibilidad de acceder a beca para manutención.

La sede del programa es el Campus Amazcala, Facultad de Ingeniería de la Universidad Autónoma de Querétaro ubicado en el municipio de El Marqués en el estado de Querétaro, aquí se desarrollan proyectos de investigación, innovación y desarrollo tecnológico relacionados con Biosistemas agroindustriales.