Desde la perspectiva del comportamiento de los componentes del ciclo hidrológico y su interacción con el medio ambiente, la maestría en Hidrología Ambiental se orienta a las áreas de Recursos Hídricos y Ambiental e Infraestructura Hidráulica. El conocimiento básico de los componentes del ciclo hidrológico, contempla las tres grandes áreas del conocimiento de la Hidrología: Paramétrica, Estocástica y de Base Física, las cuales son sustentadas por diversas cátedras, entre ellas cabe mencionar: Hidrología Superficial, Hidrología de la Zona no Saturada, Geohidrología (Zona Saturada) y la incorporación de nuevas subdisciplinas de las LGAC como la Ecohidrología y Cambio Climático que marcan la tendencia actual de la hidrología a nivel mundial. Igualmente se establece la pertinencia de impartir al menos dos materias en el idioma inglés a fin fortalecer la debilidad del programa y para facilitar la integración de los alumnos en la movilidad académica y en la práctica de escribir su trabajo de investigación para su publicación en revistas de corte internacional.

El programa está estructurado para que el estudiante adquiera los conocimientos necesarios en estas disciplinas. Lo integra un paquete básico orientado a la investigación científica constituida con las materias seriadas de Disign of Experiments (Diseño de Experimentos) Metodología de la Investigación, Seminario de Tesis I y Seminario de Tesis II. Un paquete obligatorio de materias del área de Hidrología y su asociación con el medio ambiente, fundamental en la formación del educando, sin seriación, lo cual fomenta la movilidad académica. Se agregan materias del paquete de especialización comprendidas en las materias llamadas, Tópico Selecto y Optativa, adicionales y de libre elección por el estudiante, las cuales podrán cursarse de acuerdo a sus intereses, ya sea dentro del programa o bien en otros programas en instituciones nacionales o internacionales, con el fin de fomentar la movilidad académica.

Al ingreso, la coordinación del programa asignará un comité tutorial al alumno, integrado por tres profesores del núcleo básico, de los cuales uno será su director de tesis, el cual es recomendable también sea su tutor. Este comité evaluará el avance del proyecto de investigación (tesis) que realizará el estudiante desde su inicio y hasta que se gradúe, para asegurar la constancia y el desempeño. Para una mejor funcionalidad del seguimiento y desarrollo de los alumnos durante su formación se considera pertinente que el director de tesis sea al mismo tiempo el tutor del alumno.

Se considera que con una buena planeación, el alumno podrá realizar, si lo desea una estancia de investigación, o cursar materias en otra institución durante el tercer o cuarto semestre, sin descuidar su trabajo de tesis.