La Universidad Autónoma de Querétaro considera que la tutoría es una herramienta estratégica que permite fortalecer los programas educativos, a través de la atención directa de los alumnos. Es una alternativa real para la solución de problemas que no pueden ser atendidos en las aulas y que dificultan el proceso formativo de los alumnos. Como complemento de la función docente, es el espacio en donde a través del encuentro y comunicación constantes entre docente-alumno, se potencia el desempeño académico y se refuerzan las capacidades y habilidades a lo largo de su estancia en la institución. El programa Doctorado en Mecatrónica cuenta con un Programa de Tutorías que junto con el Programa Institucional de Tutorías de la universidad se conjugan para trabajar a favor de los alumnos. Los estudiantes adscritos al programa tienen asignado un tutor responsable de proporcionar orientación y dar seguimiento a la trayectoria académica del estudiante cultivando hábitos de estudio, trabajo y reflexión. De acuerdo al perfil del alumno el tutor asignado puede, o no, ser el mismo director de tesis. El director de tesis es el profesor encargado de dirigir la investigación que realizará sus estudiantes, en cualquiera de las líneas de generación y aplicación del conocimiento que cultiva el programa doctoral. El proyecto de tesis debe tener un fuerte aporte científico y tecnológico enfocado a solución de un problema de impacto social en la región. La mayoría de los profesores del núcleo académico básico han participado en actividades de tutoría y/o dirección de tesis, en la siguiente tabla se muestra la cantidad de alumnos atendidos por cada profesor.