La obtención de recursos extraordinarios para el Doctorado en Mecatrónica se basa principalmente en la participación en Convocatorias de Fondos Mixtos y Sectoriales de CONACYT, así como el Fondo de Ciencia Básica. También es de gran importancia la realización de proyectos bajo convenios específicos con instituciones gubernamentales a diferentes niveles (municipal, estatal y federal), con empresas y con la sociedad misma. Adicionalmente la Facultad de Ingeniería y la Universidad Autónoma de Querétaro continuamente emiten convocatorias para obtención de recursos por parte de los estudiantes y profesores de la institución. El objetivo del financiamiento extraordinario del Programa de Posgrado en Ingeniería es el Fortalecer los Programas Educativos y los Cuerpos Académicos con recursos no institucionales que permitan la compra de equipo y la creación de infraestructura, así como el pago de becas, materiales y otros insumos necesarios para llevar a cabo las investigaciones relacionadas con la productividad de estudiantes y profesores.
Son varios los proyectos que han sido aprobados por en estas modalidades y que han significado recursos extraordinarios de gran apoyo a las labores de docencia e investigación. Las áreas de especialización tienen autonomía para la autogestión de recursos y estos son destinados al cumplimiento inicial de los compromisos de los proyectos, pero también al desarrollo de investigaciones tanto de profesores como de estudiantes. Los proyectos gestionados tienen como resultado el fortalecimiento de la infraestructura y equipamiento, el acervo bibliográfico y el desarrollo de las investigaciones en el Posgrado. En el siguiente documento, se muestra una lista de algunos de los proyectos de desarrollo tecnológico y servicios que permiten la obtención de estos fondos extraordinarios.
