La movilidad en este programa queda enmarcada por un lado en el el programa implementado por la Dirección de Cooperación y Movilidad Académica de la Universidad Autónoma de Querétaro, por el otro, los propios convenios establecidos por redes nacionales o internacionales de las cuales son miembros los profesores del núcleo básico de profesores de la Maestría Hidrología Ambiental. Esencialmente la movilidad se establece para el enriquecimiento de conocimientos y una valoración de los valores socioculturales en la formación integral del alumno.
La movilidad puede ser de dos tipos:

a) Estancia académica: Consiste en tomar cursos en la institución receptora y además se podrá realizar investigación.
b) Estancia de investigación: Consiste en realizar exclusivamente actividades de investigación

En apego a la normatividad institucional y del programa, para una estancia académica, los trámites deben iniciarse un semestre anterior al semestre en el cuál se va a realizar la movilidad:

• Si la movilidad se realizará en el primer semestre del año, el trámite se realiza en el H. Consejo Universitario de agosto (se deben tener todos los documentos necesarios al iniciar el trámite).
• Si la movilidad se realizará en el segundo semestre del año, el trámite se realiza en el H. Consejo Universitario de enero (se deben tener todos los documentos necesarios al iniciar el trámite).

Para una estancia de investigación, los trámites se pueden realizar en el semestre inmediato anterior y será suficiente con que sean aprobados por el H. Consejo de Posgrado, para que el alumno no se retrase en la cobertura de sus materias, los cursos, previa autorización de los profesores, director de tesis y el coordinador del programa, podrán ser tomados por medio de videoconferencia, como máximo durante tres meses.
La movilidad académica se puede realizar a partir de haber concluido totalmente el primer semestre de cualquier programa de posgrado, siempre y cuando el Coordinador del programa, el Jefe de la División y el director de tesis lo autoricen, considerando la trayectoria académica del estudiante, así como el tema o materias a desarrollar en la estancia de movilidad, los cuales deberán tener relación con el tema de tesis que esté desarrollando el estudiante. El estudiante y el investigador responsable de la recepción tendrán la obligación de generar un reporte de las actividades llevadas a cabo durante la estancia dirigido al coordinador del programa.