La Maestría en Ciencias (Ingeniería en Biosistemas) fue creada en el año 2006, comienza operaciones en Enero del año 2007, hasta hoy han egresado 10 generaciones y se tienen 4 cuatro generaciones en curso. El programa se encuentra registrado ante el padrón de posgrados de excelencia de CONACYT por lo que actualmente los estudiantes tienen la posibilidad de acceder a beca para manutención.
La sede del programa es el campus Amazcala que se ubica en el municipio del Marques en el estado de Querétaro, aquí se desarrollan proyectos de investigación y desarrollo de tecnología relacionados con el sector agroindustrial.
