El programa de Maestría en  Nanotecnología tiene una duración de cuatro semestres (considerando dedicación de tiempo completo) y máximo un semestre adicional para obtener el grado. Están consideradas dentro del programa 15 materias curriculares equivalentes a 88 créditos, 18 de los cuales corresponden a la elaboración de tesis de grado.
La estructura propuesta para este programa está basada en paquetes de materias, siendo obligatorio para todos los alumnos de la Maestría en Ciencias llevar un paquete básico de investigación, común a todas las líneas terminales de la Maestría en Ciencias que consta de 34 créditos. 30 créditos obligatorios que corresponden al paquete primario propio del área disciplinar y 24 créditos optativos para profundizar en el tema de tesis, favorecer la flexibilidad y la transversalidad de la Maestría en Ciencias y movilidad académica.

En una distribución regular, el estudiante podrá cursar 30 créditos en el primer semestre, 30 en el segundo, 22 en el tercero y 6 en el cuarto, pero esto podrá variar de acuerdo a su rendimiento y a su planificación de movilidad académica. Así mismo se agrega como materia optativa “Estancia Académica” para fomentar la movilidad.

La Maestría en Ciencias (Nanotecnología) tiene dos ejes formativos: El eje básico, el cual permitirá al alumno desarrollar sus habilidades para la investigación y para dar a conocer de forma escrita y ordenada sus resultados a la comunidad científica. Y el eje en Nanotecnología, en el cual recibirá los conocimientos necesarios para desenvolverse como un profesional de alto nivel en el área de la Nanotecnología.

El mapa curricular se muestra ordenado por semestres, aunque las materias no serán cursadas forzosamente en ese orden. La seriación obliga únicamente a las materias de Diseño de Experimentos, Metodología de la Investigación y Seminario de Tesis I. Las demás materias pueden cursarse sin seriación para fomentar la flexibilidad y la transversalidad entre las diferentes líneas terminales de las maestrías en ciencias, aunque existen recomendaciones de secuencias que serán sugeridas por el Coordinador del Programa de acuerdo con los contenidos de las mismas. El diseño curricular es por competencias. (Ver diagrama a continuación).