Las Líneas Institucionales de Investigación del núcleo académico en el Doctorado en Mecatrónica son las siguientes presentadas:

• Mecatrónica
• Diseño Mecánico

Estas Líneas de Generación y/o Aplicación del Conocimiento (LGAC), contienen varias temáticas como: mecánica, mecatrónica, eléctrica, electrónica, control, diseño digital, control de procesos, procesos de manufactura, dinámica y vibraciones, robótica y sistemas computacionales. En las cuales los miembros del Cuerpo Académico tienen la experiencia para abordarlas en proyectos de investigación con los alumnos del programa.