Las Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento (LGAC) de este programa son: Producción vegetal en ambientes protegidos, Producción acuícola en ambientes protegidos, y, Bioingeniería y Bioremediación. Las optativas de la línea terminal se ofrecerán cada semestre y podrán ser cursadas en la Facultad de Ingeniería, en otra Facultad de la Universidad Autónoma de Querétaro, o en otra institución en la que el alumno esté realizando su estancia, acorde con las tres LGAC´s que ofrecerá el programa de continuidad Maestría y Doctorado en Ingeniería de Biosistemas:
El catálogo de materias optativas a elegir dependiendo del tema de investigación del alumno, y con el aval de su comité tutorial son las siguientes:
- Biotecnología Moderna
- Bioquímica Avanzada
- Producción Vegetal en Ambientes Protegidos
- Ingeniería Biotrónica
- Bioinstrumentación
- Tratamiento de Residuos Biológicos
- Bioremediación
- Tecnología de Fermentaciones
- Bioingeniería Acuícola
- Bioremediación
- Tecnología de fermentaciones
- Ciencia y Tecnología de Biocombustibles
- Temas Selectos
Cada optativa (I, II o III), tendrá la oportunidad de considerar cualquiera de las materias del catálogo anteriormente mostrado de 13 materias. La materia de Temas Selectos, es una materia versátil en el sentido de que puede ser empleada a manera de flexibilidad en caso de movilidad estudiantil.
Planta Académica de Tiempo Completo
| Profesor | Tipo de contrato | Membresía SNI, PROMEP | Adscripción |
| Dr. Irineo Torres Pacheco | Tiempo completo | SNI (Nivel II), PROMEP | INGENIERÍA |
| Dra. Rosalía Ocampo Velázquez |
Tiempo completo |
SNI (Nivel I), PROMEP | INGENIERÍA |
| Dr. Enrique Rico García | Tiempo completo | SNI (Nivel I), PROMEP | INGENIERÍA |
| Dr. Ramón Gerardo Guevara González | Tiempo completo | SNI (Nivel II), PROMEP | INGENIERÍA |
| Dr. Luis Miguel Contreras | Tiempo completo | Aplico al SNI en 2013 | INGENIERÍA |
| Dra. Ana Angélica Feregrino Pérez | Tiempo completo | SNI (candidato) | MEDICINA |
| Dr. Andrés cruz Hernández | Tiempo completo | SNI (Nivel I) | INGENIERÍA |
Planta Académica de Tiempo Completo
2. Producción acuícola en ambientes protegidos
| Profesor | Tipo de contrato | Membresía SNI, PROMEP | Adscripción |
| Dr. Genaro Martin Soto Zarazúa | Tiempo completo | SNI (Nivel I), PROMEP | INGENIERÍA |
| Dra. Marieke Vanthoor-Koopmans | Tiempo completo | SNI (Nivel I) | INGENIERÍA |
| Dr. Carlos Chávez García | Tiempo completo | SNI (Nivel I), PROMEP | INGENIERÍA |
| Dra. Rosario Guzmán Cruz | Tiempo completo | SNI (Nivel I) | INGENIERÍA |
Planta Académica de Tiempo Completo
3. Bioingeniería y Bioremediación
| Profesor | Tipo de contrato | Membresía SNI, PROMEP | Adscripción |
| Dr. Eduardo Arturo Elizalde Peña | Tiempo completo | SNI (Nivel I) | INGENIERÍA |
| Dra. Karen Esquivel Escalante | Tiempo completo | SNI (Candidato) | INGENIERÍA |
| Dr. Sergio de Jesús Romero Gómez | Tiempo completo | SNI (Nivel I), PROMEP | QUÍMICA |
Planta Académica de Tiempo Libre e Invitados
|
Profesor |
Adscripción |
Línea de Investigación |
| Dr. José Alberto Rodríguez Morales | INGENIERÍA (UAQ), Tiempo Libre | Bioingeniería y Bioremediación |
| Dr. Rafael Rivera Bustamante (SNI Nivel III) |
CINVESTAV-Irapuato | Producción Vegetal en ambientes protegidos |
| Dr. Tomás Cabello García | Universidad de Almería, España | Producción Vegetal en ambientes protegidos |
| Dr. Roberto Ruíz Medrano (SNI Nivel II) |
CINVESTAV-Zacatenco | Producción Vegetal en ambientes protegidos |
| Dr. Gustavo Viniegra (SNI, Investigador Emérito) |
UAM-Iztapalapa | Bioingeniería y Bioremediación |
